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微生物毒素是一類由微生物合成并釋放到寄主生物體內(nèi)或生態(tài)環(huán)境中殺傷其他生物的有毒物質(zhì)。根據(jù)這一定義，微生物毒素應該包括殺傷人、動物、植物和微生物由微生物合成的有毒物質(zhì)。

然而，根據(jù)傳統(tǒng)，總是把殺傷微生物的這類有毒物質(zhì)從毒素中劃分出去，稱作抗菌素，僅將毒傷人和動植物的微生物產(chǎn)物稱作微生物毒素。 各類微生物，包括病毒、細菌、真菌、藻類和原生動物等，都會合成微生物毒素。微生物毒素種類繁多、結(jié)構(gòu)多樣、功能各異。目前已發(fā)現(xiàn)的細菌毒素有220 多種，真菌毒素不下200種。藻類和線蟲毒素多種。
此外，還發(fā)現(xiàn)病毒也可編碼微生物毒素。一般來說，細菌毒素大多為多肽和脂多糖類大分子化合物，而真菌毒素大多為一些小分子化合物。藻類與原生動物的毒素則有多肽，也有小分子毒素依照毒素的細胞學特性，又可將它們分為內(nèi)毒素和外毒素。
內(nèi)毒素是細胞壁的組成成分，只有當細胞破裂或溶解時才可釋放出來。外毒素則是在細胞生長期間從完整細胞中釋放出來的代謝產(chǎn)物。一般來說，外毒素有著比內(nèi)毒素更強的毒性。
微生物千姿百態(tài)，有些是腐敗性的，即引起食品氣味和組織結(jié)構(gòu)發(fā)生不良變化。當然有些微生物是有益的，它們可用來生產(chǎn)如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。微生物非常小，必須通過顯微鏡放大約1000 倍才能看到。比如中等大小的細菌，1000個疊加在一起只有句號那么大。

微生物能夠致病，能夠造成食品、布匹、皮革等發(fā)霉腐爛，但微生物也有有益的一面。最早是弗萊明從青霉菌抑制其它細菌的生長中發(fā)現(xiàn)了青霉素，這對醫(yī)藥界來講是一個劃時代的發(fā)現(xiàn)。后來大量的抗生素從放線菌等的代謝產(chǎn)物中篩選出來?？股氐氖褂迷诘诙问澜绱髴?zhàn)中挽救了無數(shù)人的生命。
一些微生物被廣應用于工業(yè)發(fā)酵，生產(chǎn)乙醇、食品及各種酶制劑等；一部分微生物能夠降解塑料、處理廢水廢氣等等，并且可再生資源的潛力極大，稱為環(huán)保微生物。
還有一些能在極端環(huán)境中生存的微生物，例如：高溫、低溫、高鹽、高堿以及高輻射等普通生命體不能生存的環(huán)境，依然存在著一部分微生物等等?？瓷先?，我們發(fā)現(xiàn)的微生物已經(jīng)很多，但實際上由于培養(yǎng)方式等技術(shù)手段的限制，人類現(xiàn)今發(fā)現(xiàn)的微生物還只占自然界中存在的微生物的很少一部分。
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